Большинство из тысяч видов бактерий, ранее не поддававшихся современным методам расшифровки геномов, при этом производящих неизвестные антибиотики или живущих в организме человека называют «темная материя жизни». Ученые из Санкт-Петербургского Академического университета разработали метод расшифровки (секвенирования) их геномов.
Осенью 2011 года группа профессора Павла Певзнера в сотрудничестве с пионером по секвенированию одиночных клеток Роджером Ласкеном (Roger Lasken) разработали программу E+V-SC, впервые давшую возможность анализировать геномы отдельных клеток, и опубликовали её в журнале Nature Biotechnology. Новый алгоритм, разработанный российскими учеными (тоже под руководством Певзнера) в рекордно короткий срок и недавно опубликованный в Journal of Computational Biology, на порядок улучшил американский E+V-SC. Алгоритм назвали SPAdes (SaintPetersburg Assembler) и у него есть все шансы стать первым российским брендом в биотехнологии – области, где российская наука никогда не блистала. Благодаря мегагранту в Санкт-Петербурге появилась Лаборатории алгоритмической биологии и первая в России магистерская программа в этой области.
По словам Павла Певзнера, его лаборатории, по-видимому, осталось недолго жить: «Как это уже неоднократно случалось, идеи, изначально разработанные в России, будут окончательно воплощены в жизнь и коммерциализованы на Западе. В связи с неясными перспективами по поводу продолжения мегагрантов некоторые ребята из моей команды уже начинают упаковывать чемоданы. Скажу откровенно, я их с удовольствием возьму студентами и постдоками в Калифорнийский университет».
