Полiт.ua Государственная сеть Государственные люди Войти
23 ноября 2017, четверг, 06:43
Facebook Twitter LiveJournal VK.com RSS

НОВОСТИ

СТАТЬИ

АВТОРЫ

ЛЕКЦИИ

PRO SCIENCE

СКОЛКОВО

РЕГИОНЫ

Российская наука перед новой угрозой

Профессор Павел Певзнер рассказал "Полит.ру", что он и его коллеги из Санкт-Петербургского Академического университета разработали метод расшифровки геномов бактерий, известных как «темная материя жизни». Однако новые правила финансирования мегагрантов могут привести к тому, что молодые биоинформатики со своими знаниями и разработками уедут из России.

Открытия

Ученые из Санкт-Петербургского Академического университета разработали метод расшифровки (секвенирования) геномов бактерий, которые известны как «темная материя жизни». Так ученые называют большинство из тысяч видов бактерий, ранее не поддававшихся современным методам расшифровки геномов, при этом производящих неизвестные антибиотики или живущих в организме человека. «Эта часть жизни на Земле, которая всегда была загадкой, теперь стала доступной для ученых», – сказал руководитель проекта Павел Певзнер, профессор Калифорнийского университета (Сан-Диего, США). 

Традиционные методы чтения геномов требуют по крайней мере миллиона клеток, которые сначала должны быть выращены в лаборатории. Однако 99% бактерий не желают расти в лаборатории и остаются невидимыми для современной науки. Певзнер и его команда продемонстрировали, как читать геномы из одной единственной клетки. Этот результат позволяет изучать микробы, которые играют важную роль в нашей жизни, ведь 10% нашего веса составляют бактерии. Одни могут сильно осложнить нашу жизнь, в то время как другие круглосуточно работают, помогая нам переваривать пищу. Третьи, как недавно показано, даже манипулируют нами, заставляя нас есть больше, чем нам нужно. К сожалению, если мы не знаем львиную долю бактерий, живущих в нас, очень трудно понять, как этот сложный мир внутри нас функционирует. Новый метод позволяет прочитать геномы всех этих игроков, и плохих и хороших.  

Секвенирование отдельных клеток – одна из быстро растущих и наиболее важных областей современной геномики. Осенью 2011 года группа Певзнера в сотрудничестве с пионером по секвенированию одиночных клеток Роджером Ласкеном (Roger Lasken) разработали программу E+V-SC, впервые давшую возможность анализировать геномы отдельных клеток, и опубликовали её в журнале Nature Biotechnology. Новый алгоритм, разработанный российскими учеными (тоже под руководством Певзнера) в рекордно короткий срок и недавно опубликованный в Journal of Computational Biology, на порядок улучшил американский E+V-SC. Алгоритм назвали SPAdes (Saint Petersburg Assembler) и у него есть все шансы стать первым российским брендом в биотехнологии – области, где российская наука никогда не блистала. 

В настоящее время исследователи из Академического Университета РАН используют SPAdes для секвенирования «темной материи жизни» и человеческих патогенов. Напомним, что Певзнер стал одним из победителей первого конкурса мегагрантов. Благодаря мегагранту и ректору Академического университета Жоресу Алферову в Санкт-Петербурге появилась Лаборатории алгоритмической биологии и первая в России магистерская программа в этой области. 

Певзнеру удалось собрать команду из талантливых молодых математиков и программистов, которые поначалу ничего не знали о секвенировании геномов. Все они прошли обучение в школах по биоинформатике и уже два месяца спустя начали разрабатывать SPAdes. «Ассемблирование фрагментов ДНК – задача очень похожая на сборку паззла из миллиарда кусочков. Она считается одной из самых сложных проблем биоинформатики. Разработка нового ассемблера может занять годы у профессиональной биоинформатической лаборатории. Тот факт, что ребята из России без биоинформатического бэкграунда так быстро и справились с нею за полгода, это – замечательно», – так Павел Певзнер прокомментировал работу коллег порталу Phys.org

Планы и угрозы

Планируете ли вы и ваши коллеги перейти от чтения бактериальной «темной материи жизни» к чтению не менее загадочных раковых клеток? 

Чтение индивидуальных раковых клеток – одно из самых горячих направлений в современной геномике. Современная технология требует по крайней мере миллиона клеток, чтобы прочесть раковый геном. А это значит, что рак остается невидимым для современных секвенирующих машин, пока он не наработал первый миллион раковых клеток, а это часто слишком поздно. Вот почему начальные стадии рака (до первого миллиона клеток) остаются тайной за семью замками, а США и Китай вкладывают огромные усилия в чтение индивидуальных клеток для того, чтобы эти замки открыть. И в экспериментальные и в не менее важные вычислительные аспекты этой проблемы. 

Как ваша Санкт-Петербургская лаборатория планирует участвовать в этой гонке? 

Россия сейчас неожиданно стала биоинформатическим лидером в одной из самых быстро развивающих областей геномики, и я горд, что в этой области совсем молодые ребята из моей лаборатории успешно конкурируют (и сотрудничают!) с ведущими геномными центрами. Мы вплотную подошли к созданию, пожалуй, первого мирового бренда в геномной биоинформатике, разработанного в России. 

Однако, отвечая на ваш вопрос о том, как мы планируем продолжать участвовать в этой гонке, я боюсь что никак, так как, по-видимому, моя (и многие другие) мегагрантовская лаборатория скоро закроется. И как это уже неоднократно случалось, идеи, изначально разработанные в России, будут окончательно воплощены в жизнь и коммерциализованы на Западе. В связи с неясными перспективами по поводу продолжения мегагрантов некоторые ребята из моей команды уже начинают упаковывать чемоданы. Скажу откровенно, я их с удовольствием возьму студентами и постдоками в Калифорнийский университет. 

Почему у вас такие мрачные прогнозы по поводу будущего мегагрантов? 

Они не мрачные, а реалистичные. Мегагранты, несомненно, представляли очень своевременный и полезный эксперимент в российской науке. 2 года назад, когда я приехал, в России не было ни одного эксперта по алгоритмам для чтения геномов. А ведь без таких экспертов никакой серьезной геномики и персональной медицины в России быть не может.  Конечно, в России есть биоинформатические звезды, как Михаил Гельфанд, но их можно пересчитать по пальцам одной руки и многие ключевые области в этой стремительно развивающейся дисциплине (как, например, алгоритмическая биология, занимающаяся сборкой геномов) в России просто отсутствуют. Я очень рад, что менее чем за 2 года в России появилась команда мирового класса в этой области. Однако мегагранты, хорошо начав, боюсь, закончат голом в свои ворота. Я не удивлюсь, если некоторые успешные мегагрантовские лаборатории закроются и просто переедут на Запад в 2013 году. 

Дело в том, что финансирование по мегагрантам работало всего 2 года. Ни в одной стране мира серьезные научные проекты такого масштаба не планируются на такой короткий срок – обычно это 5 лет. Петр I это хорошо понимал, когда он давал первые российские мегагранты (аж 1000 золотых рублей в год!). И в результате великий Леонард Эйлер приехал в Россию на 30 лет. 

A вот российское правительство этого, похоже, не понимает. Что еще более неожиданно, по новым правилам, мегагранты можно продолжить только при условии софинансирования в равном размере университетом, в котором была организована лаборатория в рамках мегагранта. Это еще одно чисто российское изобретение – такого нет ни в одной стране мира. Даже в США, стране богатых университетов, особенно по сравнению с российскими университетами, которые часто влачат нищенское существование. Если я бы пришел к своему ректору в Калифорнии и попросил миллион долларов на финансирование, он бы подумал, что я сошел с ума – это просто не функция университетов. Я еще могу представить, что такие огромные университеты как МГУ смогут правдами и неправдами наскрести софинансирование, но моя лаборатория находится в маленьком элитном университете, который в 100 раз меньше МГУ. 

Похоже, вы не очень лестного мнения о новых правилах мегагрантов и о Министерстве образования и науки в целом? 

У меня на самом деле высокое мнение и о нынешнем и о прошлом министре – мне нравятся их инициативы и по мегагрантам и по новой карте российской науки. Но я увидел как в России хорошие инициативы сталкиваются с административной реальностью, когда люди в моей лаборатории полгода не получали зарплату и когда у них заняло год купить первые компьютеры. 

Что же вы предлагаете? 

По гамбургскому счету, российская наука сжалась до уровня одного приличного американского университета в таких ключевых областях, как биология и компьютерные науки - две дисциплины, которые сегодня задают моду в Кремниевой долине. Например, мой университет в США по количеству ученых-звезд значительно впереди «России всей» в этих дисциплинах. Поэтому каждая российская лаборатория мирового уровня сейчас на вес золота. 

В прошлом году я предложил проект создания Российского национального университета (РНУ), направленного на сохранение таких лабораторий. Похоже, что разрабатываемая сейчас «дорожная карта» российской науки преследует ту же цель, и я от всей души желаю ей успеха. Я, правда, не понимаю, почему нужно полгода на создание такой карты – в моих дисциплинах (биологии и компьютерных науках) – я мог бы нарисовать такую карту за пару часов. И я боюсь, что пока Министерство работает над этой картой, ведущие российские команды, созданные мегагрантами, просто переедут на Запад, а то и на Восток. Ведь в Китае и Сингапуре финансирование научных проектов гораздо более стабильно, чем в России. На российский бизнес тоже рассчитывать пока не приходится, так как мало кто из российских бизнесменов понимает финансовые перспективы в геномике и персональной медицине. 

См. также:

Обсудите в соцсетях

Система Orphus
Loading...

Главные новости

20:57 Собчак узнала о прокурорской проверке после ее высказывания про Крым
20:32 Раненный при стрельбе в «Москва-Сити» сотрудник Росгвардии скончался
20:07 Участники саммита в Сочи исключили подрыв единства Сирии
19:49 «Онэксим» Прохорова обратился в суд с иском на 1,4 млрд рублей против «Открытие Холдинга»
19:25 Французские СМИ узнали причины задержания Керимова
19:02 Крутой назвал дату прощания с Хворостовским
18:41 Минздрав решил запретить курение кальянов в кафе
18:14 В первом чтении принят законопроект об ужесточении ответственности живодеров
17:50 Путин обсудил готовность экономики к быстрому увеличению объёмов оборонной продукции
17:34 В Сочи начался трехсторонний саммит по ситуации в Сирии
17:09 В Тбилиси спецслужбы завершили контртеррористическую спецоперацию
16:49 МИД РФ опротестовал задержание сенатора Керимова во Франции
16:27 Двум участникам перестрелки в «Москва-Сити» предъявлено обвинение
16:13 Бактериофаги используются для защиты клетками организма
16:03 МОК лишил скелетонистов из РФ двух медалей ОИ в Сочи
15:40 Объявлено место прощания с Хворостовским
15:20 ЦБ начал мониторить телеграм-каналы для борьбы с информатаками
15:02 Ратко Младич приговорен к пожизненному заключению
14:40 В Анкаре сообщили о начале поставок в Турцию С-400 в 2019 году
14:25 В Google признались в сборе данных пользователей Android при выключенной геолокации
14:24 Синие киты становятся левшами и правшами в зависимости от глубины
14:07 Главой «Яндекса» в России назначен Грег Абовский
13:44 Правительство РФ предложит самозанятым россиянам низкие налоги
13:26 СМИ сообщили о задержании сотрудников прокуратуры ЛНР
13:25 В Кремле отмежевались от конфликта между ДНР и ЛНР
13:02 Джабраилову назначен штраф в полмиллиона рублей
12:55 В Кремле опровергли сведения о выбросе рутения-106
12:40 Кремль назвал Путина поклонником творчества Хворостовского
12:37 В Индии успешно запустили «БраМос» с истребителя
12:23 Начался визит в Австралию мамонтенка Любы
12:15 Умар Джабраилов признал свою вину и попросил учесть заслуги
11:50 Президент «Роспромбанка» арестован по обвинению в мошенничестве
11:39 Совфед единогласно поддержал закон о СМИ-иноагентах
11:17 СМИ сообщили о спецоперации в Тбилиси
11:12 Самолет ВМС США упал недалеко от японского острова
10:51 Дональд Трамп оценил телефонный разговор с Владимиром Путиным
10:37 Умер Дмитрий Хворостовский
10:24 Сулейман Керимов отказался признать вину
10:02 ГД и Совфеду разрешат запрещать въезд нежелательным иностранцам
09:45 СМИ сообщили о сигналах в зоне поиска аргентинской подлодки
09:34 Uber сознался в сокрытии факта утечки данных о клиентах за деньги
09:34 Макаки-крабоеды следят за гигиеной полости рта
09:21 Власти Украины заявили о побеге главы ЛНР в Россию
09:08 В России появилась новая въездная виза
21.11 21:08 Донецкий ополченец рассказал о бегстве главы ЛНР в Россию
21.11 20:55 Сенатора Керимова задержали при сходе с самолета в Ницце
21.11 19:49 Бывший вице-президент Зимбабве в течение двух суток заменит Мугабе
21.11 19:31 Вице-спикер ГД допустил принятие закона о запрете на рекламу Google
21.11 19:18 Минфин Крыма счел преждевременным обсуждение использования биткоинов
21.11 19:01 В Минздраве назвали сумму потерь России из-за алкоголя и табака
Apple Boeing Facebook Google IT NATO PRO SCIENCE видео ProScience Театр Pussy Riot Twitter аварии на железной дороге авиакатастрофа Австралия Австрия автопром администрация президента Азербайджан акции протеста Александр Лукашенко Алексей Кудрин Алексей Навальный Алексей Улюкаев алкоголь амнистия Анатолий Сердюков Ангела Меркель Антимайдан Армения армия Арсений Яценюк археология астрономия атомная энергия аукционы Афганистан Аэрофлот баллистические ракеты банковский сектор банкротство Барак Обама Башар Асад Башкирия беженцы Белоруссия Белый дом Бельгия беспорядки бизнес биология ближневосточный конфликт бокс болельщики «болотное дело» большой теннис Борис Немцов Бразилия ВВП Великая Отечественная война Великобритания Венесуэла Верховная Рада Верховный суд взрыв взятка видеозаписи публичных лекций «Полит.ру» видео «Полит.ру» визовый режим Виктор Янукович вирусы Виталий Мутко «ВКонтакте» ВКС Владивосток Владимир Жириновский Владимир Маркин Владимир Мединский Владимир Путин ВМФ военная авиация Волгоград ВТБ Вторая мировая война вузы выборы выборы губернаторов выборы мэра Москвы газовая промышленность «Газпром» генетика Генпрокуратура Германия ГИБДД ГЛОНАСС Голливуд гомосексуализм госбюджет Госдеп Госдума госзакупки гражданская авиация Греция Гринпис Грузия гуманитарная помощь гуманитарные и социальные науки Дагестан Дальний Восток деньги День Победы дети Дмитрий Медведев Дмитрий Песков Дмитрий Рогозин доллар Домодедово Дональд Трамп Донецк допинг дороги России драка ДТП Евгения Васильева евро Евровидение Еврокомиссия Евромайдан Евросоюз Египет ЕГЭ «Единая Россия» Екатеринбург ЕСПЧ естественные и точные науки ЖКХ журналисты Забайкальский край закон об «иностранных агентах» законотворчество здравоохранение в России землетрясение «Зенит» Израиль Индия Индонезия инновации Интервью ученых интернет инфляция Ирак Ирак после войны Иран Иркутская область искусство ислам «Исламское государство» Испания история История человечества Италия Йемен Казань Казахстан казнь Калининград Камчатка Канада Киев кино Киргизия Китай Климат Земли, атмосферные явления КНДР Книга. Знание Компьютеры, программное обеспечение кораблекрушение коррупция космодром Восточный космос КПРФ кража Краснодарский край Красноярский край кредиты Кремль крушение вертолета Крым крымский кризис Куба культура Латвия ЛГБТ ЛДПР Левада-Центр легкая атлетика лесные пожары Ливия лингвистика Литва литература Лондон Луганск Малайзия МВД МВФ медиа медицина междисциплинарные исследования Мексика Мемория метро мигранты МИД России Минздрав Минкомсвязи Минкульт Минобороны Минобрнауки Минтранспорта Минтруд Минфин Минэкономразвития Минюст мировой экономический кризис «Мистраль» Михаил Саакашвили Михаил Ходорковский МКС Молдавия Мосгорсуд Москва Московская область мошенничество музыка МЧС наводнение Надежда Савченко налоги нанотехнологии наркотики НАСА наука Наука в современной России «Нафтогаз Украины» недвижимость некоммерческие организации некролог Нерусский бунт нефть Нигерия Нидерланды Нобелевская премия Новосибирск Новые технологии, инновации Новый год Норвегия Нью-Йорк «Оборонсервис» образование обрушение ОБСЕ общественный транспорт общество ограбление Одесса Олимпийские игры ООН оппозиция опросы оружие отставки-назначения Пакистан палеонтология Палестинская автономия Папа Римский Париж ПДД педофилия пенсионная реформа Пентагон Петр Порошенко пищевая промышленность погранвойска пожар полиция Польша похищение права человека правительство Право правозащитное движение «Правый сектор» преступления полицейских преступность Приморский край происшествия публичные лекции Рамзан Кадыров РАН Революция в Киргизии Реджеп Эрдоган рейтинги религия Реформа армии РЖД ритейл Роскомнадзор Роскосмос Роспотребнадзор Россельхознадзор Российская академия наук Россия Ростов-на-Дону Ростовская область РПЦ рубль русские националисты РФС Санкт-Петербург санкции Саудовская Аравия Сахалин Сбербанк Свердловская область связь связь и телекоммуникации Севастополь сельское хозяйство сепаратизм Сербия Сергей Лавров Сергей Собянин Сергей Шойгу Сирия Сколково Славянск Следственный комитет следствие смартфоны СМИ Совбез ООН Совет по правам человека Совет Федерации сотовая связь социальные сети социология Социология в России Сочи Сочи 2014 «Спартак» спецслужбы «Справедливая Россия» спутники СССР Ставропольский край стихийные бедствия Стихотворения на случай страхование стрельба строительство суды суицид США Таджикистан Таиланд Татарстан театр телевидение телефонный терроризм теракт терроризм технологии транспорт туризм Турция тюрьмы и колонии убийство УЕФА Украина Условия труда ФАС Федеральная миграционная служба физика Филиппины Финляндия ФИФА фондовая биржа фоторепортаж Франсуа Олланд Франция ФСБ ФСИН ФСКН футбол Хабаровский край хакеры Харьков Хиллари Клинтон химическое оружие хоккей хулиганство Центробанк ЦИК Цикл бесед "Взрослые люди" ЦСКА Челябинская область Чехия Чечня ЧМ-2018 шахты Швейцария Швеция школа шоу-бизнес шпионаж Эбола Эдвард Сноуден экология экономика экономический кризис экстремизм Эстония Южная Корея ЮКОС Юлия Тимошенко ядерное оружие Япония

Редакция

Электронная почта: politru.edit1@gmail.com
Адрес: 129090, г. Москва, Проспект Мира, дом 19, стр.1, пом.1, ком.5
Телефон: +7 495 980 1894.
Яндекс.Метрика
Свидетельство о регистрации средства массовой информации
Эл. № 77-8425 от 1 декабря 2003г. Выдано министерством
Российской Федерации по делам печати, телерадиовещания и
средств массовой информации. Выходит с 21 февраля 1998 года.
При любом использовании материалов веб-сайта ссылка на Полит.ру обязательна.
При перепечатке в Интернете обязательна гиперссылка polit.ru.
Все права защищены и охраняются законом.
© Полит.ру, 1998–2014.